Учитывая воднохозяйственную и гидрологическую обстановку, Енисейское бассейновое водное управление на период с 16 июля 2025 года и до особого распоряжения установило для Богучанской ГЭС верхнюю границу расходов через гидроагрегаты в 3500 кубометров воды в секунду. Ранее на период с 6 июля по 1 августа был установлен режим работы с расходами 3000-3300 кубометров в секунду.
В период навигации режим работы Богучанской ГЭС регулируют таким образом, чтобы на контрольных водопостах уровень воды соответствовал установленным контрольным показателям. Уровень Богучанского водохранилища в первой половине июля находился в районе отметки 207,74 м (над уровнем Балтийского моря), отклонения от этого значения не превышали 5-6 см в большую или меньшую сторону. Средний уровень Ангары в нижнем бьефе станции находился в районе отметки 138,43 м.
Режимы наполнения и сработки водохранилищ, пропуск паводков на ГЭС устанавливает Федеральное агентство водных ресурсов (Росводресурсы) с учётом рекомендаций Межведомственной рабочей группы, в состав которой входят представители МЧС России, Минсельхоза России, Росрыболовства, Росморречфлота, АО «СО ЕЭС», органов исполнительной власти субъектов Федерации и др.
В 2025 году коллектив Богучанской ГЭС успешно выполнил все задачи по подготовке и прохождению паводка, обеспечив безаварийную работу оборудования, бесперебойное производство электроэнергии и исправное состояние гидротехнических сооружений. На станции продолжается плановый капитальный ремонт гидроагрегата №5. После наработки установленного регламентом количества часов начат текущий ремонт агрегата №9.